W grudniu 1939 roku, po raz pierwszy samochody ze skazanymi na śmierć opuściły Warszawę, udając się szosa na północ, w kierunku Modlina. Za niewielka wsią Palmiry, na skraju Puszczy Kampinoskiej znajdowały się przed wojna składy amunicji, nazywane przez okoliczną ludność „prochownią”. Do budynków ukrytych wśród sosnowego lasu prowadziła bocznica kolejowa. W
pierwszych miesiącach okupacji Niemcy rozbierali aż do fundamentów budynki prochowni i usuwali szyny kolejowe. Wycięli też drzewa wokół niewielkiej polany, położonej w odległości ok. 6 kilometrów od szosy modlińskiej, przy drodze do wsi Pociecha, poszerzając jej teren do kilku kilometrów kwadratowych. Właśnie ta polana miała się stać tajemnym miejscem kaźni, która pod niezupełnie ścisłą nazwą Palmiry, przyjętą od miana pobliskiej wsi, przeszła do wojennej historii Warszawy.
Wszystkie egzekucje na Palmirach przygotowane były przez Sicherheitspolizei z głębokim rozmysłem. W dniach poprzedzających transport skazańców, a niekiedy nawet na dłuższy czas naprzód, oddział Arbeitsdienstu kwaterujący w położonej po drugiej stronie szosy modlińskiej wsi Łomna lub młodzież z Hitlerjugend obozująca nieopodal Palmir – przygotowywała na polanie śmierci doły, w których miały spocząć ciała ofiar. Doły te o głębokości ok 2.5-3 metrów, a długości 30 metrów i więcej przypominały swym wyglądem rowy przeciwlotnicze. Niekiedy, gdy przewidywano mniejszą liczbę skazańców, szykowano groby o nieregularnym kształcie, podobne do naturalnego zapadliska terenu albo leja od bomby lotniczej.
Ofiary przywożono przeważnie z Pawiaka, niekiedy również z więzienia na Rakowieckiej w Warszawie. Transporty formowano zazwyczaj o świcie, pozostawiając ludziom złudzenie, że mają być wywiezieni do obozu koncentracyjnego. Pozwalano im zabrać ze sobą walizki, plecaki, worki z osobistymi rzeczami, paczki z żywnością, a niekiedy nawet dodatkowe porcje chleba na drogę. Zwracano więźniom częstokroć dokumenty osobiste i przedmioty złożone w depozycie więziennym. Uspokojonych w ten sposób skazańców ładowano do samochodów ciężarowych i wywożono. Dopiero gdy samochody skręcały w drogę polną, a potem wjeżdżały w las, rodziły się w więźniach podejrzenia. I w tym właśnie miejscu, na skraju las, wyrzucali z samochodów kartki, książeczki do nabożeństwa czy jakieś pamiątkowe drobiazgi, w nadziei, że naprowadzą kogoś w ten sposób na swe ślady.
Auta zatrzymywały się w lesie w pobliżu polany. Więźniom kazano wysiadać, niekiedy krępowano im ręce i zawiązywano oczy. Nie zabierano jednak bagażu przywiezionego z więzienia ani też dokumentów i drobiazgów, jeśli je ma przy sobie, Żydom pozostawiano opaski z gwiazdą Syjonu, pracownikom sanitariatu opaski Czerwonego Krzyża na rękawach płaszczy czy ubrań. Niemcy prowadzili skazańców grupami na polanę i ustawiali tam nad samą krawędzią przygotowanego dołu, planowo, gęsto obok siebie, tak aby zaoszczędzić pracy zbierania i chowania zwłok. Pluton żandarmerii lub SS dokonywał egzekucji z broni maszynowej. Po salwie dobijano niektórych rannych pojedynczymi strzałami z pistoletów. Inni, żyjący jeszcze, ale nie dający już wyraźnych śladów życia, nie byli dobijani.
Swoiste poczucie porządku kazało zbrodniarzom wprowadzić różne udoskonalenia techniczne przy dokonywaniu egzekucji. Ustawiano np. skazanych nad dołem, trzymając za ich plecami długi drąg lub drabinę. Po oddaniu salwy opuszczano podpórkę, pozwalając ciałom spaść do grobu. (W niektórych grobach odnaleziono przy ekshumacji w r. 1946 takie drągi). Następną grupę rozstrzeliwano w tym samym miejscu, tak że padające ciałą tworzyły nowa warstwę. Wypełnione doły Niemcy zakopywali, maskowali starannie mchem, igliwiem, a potem obsadzali polanę równomiernie młodymi sosenkami. Objeżdżali w przekonaniu, że wszystko zostało dobrze obmyślone i że prawda nigdy nie wyjdzie na jaw. Do rodzin wymordowanych wysyłało gestapo krótkie zawiadomienia o zgonie, niekiedy podając jako przyczynę śmierci atak serca, najczęściej jednak nie podając żadnej.
(…) W dniach egzekucji Niemcy zachowywali w rejonach straceń wszelkie środki ostrożności, aby nie przeniknął tam żaden niepowołany świadek. Patrolowali okolice polany, grupowali gdzie indziej lub nawet zwalniali z pracy robotników zatrudnionych przy rozbiórce bocznicy kolejowej. Mimo to ludność okoliczna, a szczególnie mieszkańcy wsi Palmiry i Pociecha oraz pracownicy służby leśnej systematycznie podpatrywali Niemców i narażając życie, obserwowali przybycie na miejsce straceń niemal każdego transportu. W trakcie egzekucji świadkowie ukryci w lesie słyszeli jęki ofiar i odgłosy salw, niekiedy widzieli grupy skazańców prowadzonych z zawiązanymi oczami nad przygotowaną mogiłę. Zaś po egzekucji, zazwyczaj najbliższej nocy, gajowy Adam Herański i inni pracownicy polskiej służby leśnej usiłowali oznaczyć miejsce zbrodni.
(…) Gajowi nacinali w sposób sobie wiadomy pnie pobliskich drzew, wbijali w nie łuski karabinowe znalezione na miejscu kaźni, niektóre miejsca po prostu zapamiętywali.”
(Władysław Bartoszewski, 1969)